Komisch, bei mir haut sowohl .wav als auch .mp3 zu .au mit dem Soundkonverter prima hin *achselzuck*... hast Du mal ein paar andere Sounddateien versucht?
Mal so nebenbei gefragt - gibt es einen Grund dafür, auf ein solch exotisches Format zu setzen? Zumal mir .mp3 » .au irgendwie ein wenig komisch erscheint, denn wenn ich es richtig verstehe, ist .au doch ein verlustfreies Format ähnlich wie .flac, allerdings ergibt das doch nur dann Sinn, wenn man von einer Orginalquelle konvertieren will, oder?
Edit:
Ich habe gerade mal ein paar Player mit den .au-Dateien gefüttert und dabei stellte sich heraus, dass MPlayer-basierte Abspieler wie z.B. KPlayer, KMplayer und der MPlayer selbst den von Dir beschriebenen Missklang produzieren, während xine-basierte Player wie amarok und Kaffeine (und außerdem der Realplayer) die Datei so abspielen, wie sie sein soll. Scheint also eher ein Problem der Player denn der Konvertierung zu sein, probier's mal aus.