Auf die Diskussion wäre ich selber mal gespannt.
Kommt wahrscheinlich auf den einzelnen Fall an: Datenvolumen, Datenmenge pro Zeit, überwiegend Lesen oder Schreiben, häufiges Duplizieren von Tabellen zur Datensicherung, paralleler Zugriff auf mehrere Tabellen etc.
Falls die Hardware und das OS schon feststehen (ich vermute mal Linux) würde ich für einen überwiegenden Datenbank-Server als ersten Versuch erstmal folgendes vorschlagen: ext2, dem ich in Sachen Sicherheit am meisten zutraue, da es mittlerweile wirklich ausgereift und erprobt sein sollte, und eine Menge RAM, damit die ganzen Dateien in den Cache passen und Plattenzugriffe beim Lesen erst gar nicht stattfinden.
Für ein "Mischsystem" gibt es wahrscheinlich passendere Dateisysteme als das betagte ext2, und die neueren sind sicherlich auch nicht riskant. Für überwiegend Datenbank reicht es aber wohl.
Als Kritikpunkt wird sicherlich auf das fehlende Journaling hingewiesen werden, das nach einem Absturz bei einem "fsck" viel Zeit verbrät (und vermutlich ist ext3 sicher annähernd genauso robust), aber wie oft stürzt ein vernünftiger Linux-Server schon komplett ab? Wer auf Nummer Sicher gehen will, setzt dann sowieso eine USV ein.
Nebenbei: Steht im MySQL-Handbuch ein Tip?