Proteomics & Bioinformatik ?

Dieses Thema im Forum "Member Talk & Offtopic" wurde erstellt von tahepod, 20.01.2006.

  1. #1 tahepod, 20.01.2006
    tahepod

    tahepod I'm an engineer

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    Hallo Leute!
    Als Chemiestudent im letzten Semester steht die Diplomarbeit vor der Tür, hab auch schon eine tolles Thema in einem tollen Labor bei einem angesagten Prof. ("der schickt voll") gefunden.
    Allerdings hab ich als Chemiestudent, der sich lediglich durch eine 2-sws Biochemievorlesung "geschlafen" hat nicht die Ahnung von Proteomics & Bioinformatik (was aber ein wichtiger Bestandteil meiner Diplomarbeit werden wird).
    Wer kennt sich damit aus bzw. kann mir mal einen Link auf eine gute Seite schicken oder ein pdf-File ?
    Würde mich sehr freuen!

    mfg

    tahepod
     
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  3. rikola

    rikola Foren Gott

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    Bioinformatik und Proteomics sind beides extrem weitlaeufige Begriffe. Proteomics ist auch eher ein Modewort, das es einem hilft, Gelder zu bekommen fuer diverse Forschungsprojekte.
    Guck mal bei http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics als Anfang.
    Zur Bioinformatik gibt es bei O'Reillys ein Buch, soweit ich weiss, aber auch da waere es besser, wenn Du Deine Frage etwas genauer spezifizieren koenntest. Was ist denn das Thema Deiner Diplomarbeit?
     
  4. #3 tahepod, 21.01.2006
    tahepod

    tahepod I'm an engineer

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    Das Thema lautet in etwa:
    Kann man durch bessere Probenvorbereitung (Entsalzung und Präfraktionierung) von Peptidgemischen die Auswertung von ESI-MS und MALDI-TOF(/TOF)-MS-Spektren bezüglich statistischer Sicherheit der Fragment(m/e)-Peptid-Zuordnung erhöhen? Mit dem Hintergrund in vielen Fällen eine zeitraubende nano-LC-Trennung überflüssig zu machen.

    Bin auch schon dabei ein paar Konzepte zu erarbeiten.
    Konkrete Fragen meinerseits wären:
    Wie bestimmt das Computerprogramm aus dem MS-Spektrum die Proteinsequenz?
    Wie funktioniert der enzymatische Verdau von Proteinen mit Trypsin?

    Mfg

    tahepod
     
  5. #4 danielgoehl, 21.01.2006
    danielgoehl

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    hehe

    Hi,

    ich hab mal vier semester Bioinformatik studiert. ;) An welcher uni bist du denn?? Ich würde Dir empfehlen dich mal bei http://www.bioinf.uni-sb.de/ oder http://www.zbi.uni-saarland.de umzuschaun. Kannst auch einfach mal leute von den Lehrstühlen anschreiben wenn du spezielle fragen hast, die helfen sicher gern.
    Kannst mir aber auch mal ne pm mit deiner eMail schicken, vieleicht find ich ja einen meiner alten Komolitionen der Dir ein wenig helfen kann. ;)
    Und es gibt auch bei sourceforge eine ganze sparte zu Bioinformatik, vieleicht findest du da auch was. ;)

    Also viel erfolg!!
     
  6. #5 supersucker, 21.01.2006
    supersucker

    supersucker Foren Gott

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    ein link der dich interessierren könnte:

    http://lectures.molgen.mpg.de/Algorithmische_Bioinformatik_WS0405/lecture_index.shtml

    die pdfs zu den vorlesungen sind sehr gut, die letzten pdfs dürften dir weiterhelfen, z.b. von der vorlesung am 7.2., da ist das thema proteomics.

    in den docs wird MS-verdau behandelt, z.b. auch wie du aus dem ms-spektrum die sequenz berechnest, dafür wirst du dich aber ne ganze weile einlesen müssen, da es ja auch zig arten der MS gibt.....

    wenn du generell einen überblick über bioinformatik kriegen willst, kann ich dir die komplette vorlesungsreihe empfehlen, war die beste vorlesung die ich im studium hatte.

    spaltet hinter den AS arginin und lysin. oder wolltest du das genauer wissen? wikipedia kann das bestimmt besser erklären......:-)
     
  7. #6 tahepod, 21.01.2006
    tahepod

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    @supersucker

    Vieln Dank für die Antwort und den Link (hab ich viel zum Lesen).

    Mfg

    tahpod
     
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