Probleme beim compilieren von R

Dieses Thema im Forum "Anwendungen" wurde erstellt von Naich, 23.11.2006.

  1. Naich

    Naich Mitglied

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    Hallo,
    erstmal möchte ich mich entschuldigen, wenn die Hilfeschreie von Anfängern wie mir vielleicht nerven. Aber ich habe versucht die SuFu und Google zu benutzen, habe leider zu wenig Vokabular-Ahnung, um Antworten zu finden.
    Hier mein Problem:

    Ich habe mir R-2.4.0 als *.tar.gz datei runergeladen, da es bei Yast und Apt nicht drin war. Bei dieser Gelegenheit: Ich benutzte SUSE 10.1

    Dannach habe ich es mit tar - xzf R-2.4.0.tar.gz nach usr/local/programs/R-2.4.0 entpackt
    (weiß auch nicht wo man sonst so Programme hinpacken sollte?---Hint? :) )

    Nun das Dilemma: In der INSTALL steht ich soll ./configure laufen lassen, das sieht so aus:

    PHP:
    laptop:/usr/local/programs/R-2.4.0 # ./configure
    checking build system type... i686-pc-linux-gnu
    checking host system type
    ... i686-pc-linux-gnu
    loading site script 
    './config.site'
    loading build specific script './config.site'
    checking for pwd... /bin/pwd
    checking whether builddir is srcdir
    ... yes
    checking 
    for working aclocal... missing
    checking 
    for working autoconf... missing
    checking 
    for working automake... missing
    checking 
    for working autoheader... missing
    checking 
    for working makeinfo... missing
    checking 
    for gawk... gawk
    checking 
    for egrep... grep -E
    checking whether ln 
    -s works... yes
    checking 
    for ranlib... ranlib
    checking 
    for bison... no
    checking 
    for byacc... no
    checking 
    for ar... ar
    checking 
    for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
    checking 
    for sed... /usr/bin/sed
    checking 
    for less... /usr/bin/less
    checking 
    for perl... /usr/bin/perl
    checking whether perl version is at least 5.004
    ... yes
    checking 
    for dvips... /usr/bin/dvips
    checking 
    for tex... /usr/bin/tex
    checking 
    for latex... /usr/bin/latex
    checking 
    for makeindex... /usr/bin/makeindex
    checking 
    for pdftex... /usr/bin/pdftex
    checking 
    for pdflatex... /usr/bin/pdflatex
    checking 
    for $(SHELL)... no
    checking 
    for $(top_srcdir)/tools/missing... no
    checking 
    for makeinfo... no
    checking 
    for makeinfo... no
    checking 
    for unzip... /usr/bin/unzip
    checking 
    for zip... /usr/bin/zip
    checking 
    for gzip... /usr/bin/gzip
    checking 
    for firefox... /usr/bin/firefox
    using 
    default browser ... /usr/bin/firefox
    checking 
    for acroread... /usr/X11R6/bin/acroread
    checking 
    for gcc... gcc
    checking 
    for C compiler default output file name... a.out
    checking whether the C compiler works
    ... yes
    checking whether we are cross compiling
    ... no
    checking 
    for suffix of executables...
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler
    ... yes
    checking whether gcc accepts 
    -g... yes
    checking 
    for gcc option to accept ANSI C... none needed
    checking how to run the C preprocessor
    ... gcc -E
    checking whether gcc needs 
    -traditional... no
    checking how to run the C preprocessor
    ... gcc -E
    checking 
    for gfortran... gfortran
    checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler
    ... yes
    checking whether gfortran accepts 
    -g... yes
    checking 
    for g++... g++
    checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
    checking whether g
    ++ accepts -g... yes
    checking how to run the C
    ++ preprocessor... g++ -E
    checking whether __attribute__
    ((visibility())) is supported... yes
    checking whether gcc accepts 
    -fvisibility... yes
    checking whether gfortran accepts 
    -fvisibility... yes
    checking 
    for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed
    checking 
    for ld used by gcc... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
    checking 
    if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ldis GNU ld... yes
    checking 
    for /usr/i586-suse-linux/bin/ld option to reload object files... -r
    checking 
    for BSD-compatible nm... /usr/bin/nm -B
    checking how to recognise dependent libraries
    ... pass_all
    checking 
    for ANSI C header files... yes
    checking 
    for sys/types.h... yes
    checking 
    for sys/stat.h... yes
    checking 
    for stdlib.h... yes
    checking 
    for string.h... yes
    checking 
    for memory.h... yes
    checking 
    for strings.h... yes
    checking 
    for inttypes.h... yes
    checking 
    for stdint.h... yes
    checking 
    for unistd.h... yes
    checking dlfcn
    .h usability... yes
    checking dlfcn
    .h presence... yes
    checking 
    for dlfcn.h... yes
    checking the maximum length of command line arguments
    ... 32768
    checking command to parse 
    /usr/bin/nm -B output from gcc object... ok
    checking 
    for objdir... .libs
    checking 
    for ranlib... (cachedranlib
    checking 
    for strip... strip
    checking 
    if gcc static flag  works... yes
    checking 
    if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no
    checking 
    for gcc option to produce PIC... -fPIC
    checking 
    if gcc PIC flag -fPIC works... yes
    checking 
    if gcc supports --o file.o... yes
    checking whether the gcc linker 
    (/usr/i586-suse-linux/bin/ldsupports shared libraries... yes
    checking whether 
    -lc should be explicitly linked in... no
    checking dynamic linker characteristics
    ... GNU/Linux ld.so
    checking how to hardcode library paths into programs
    ... immediate
    checking whether stripping libraries is possible
    ... yes
    checking 
    if libtool supports shared libraries... yes
    checking whether to build shared libraries
    ... yes
    checking whether to build 
    static libraries... no
    configure
    creating libtool
    appending configuration tag 
    "CXX" to libtool
    checking 
    for ld used by g++... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
    checking 
    if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ldis GNU ld... yes
    checking whether the g
    ++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ldsupports shared libraries... yes
    checking 
    for g++ option to produce PIC... -fPIC
    checking 
    if g++ PIC flag -fPIC works... yes
    checking 
    if g++ supports --o file.o... yes
    checking whether the g
    ++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ldsupports shared libraries... yes
    checking dynamic linker characteristics
    ... GNU/Linux ld.so
    checking how to hardcode library paths into programs
    ... immediate
    checking whether stripping libraries is possible
    ... yes
    appending configuration tag 
    "F77" to libtool
    checking 
    if libtool supports shared libraries... yes
    checking whether to build shared libraries
    ... yes
    checking whether to build 
    static libraries... no
    checking 
    for gfortran option to produce PIC... -fPIC
    checking 
    if gfortran PIC flag -fPIC works... yes
    checking 
    if gfortran supports --o file.o... yes
    checking whether the gfortran linker 
    (/usr/i586-suse-linux/bin/ldsupports shared libraries... yes
    checking dynamic linker characteristics
    ... GNU/Linux ld.so
    checking how to hardcode library paths into programs
    ... immediate
    checking whether stripping libraries is possible
    ... yes
    configure
    WARNINGyou cannot build info or html versions of the R manuals
    checking 
    for cos in -lm... yes
    checking 
    for sin in -lm... yes
    checking 
    for dlopen in -ldl... yes
    checking readline
    /history.h usability... no
    checking readline
    /history.h presence... no
    checking 
    for readline/history.h... no
    checking readline
    /readline.h usability... no
    checking readline
    /readline.h presence... no
    checking 
    for readline/readline.h... no
    checking 
    for rl_callback_read_char in -lreadline... no
    checking 
    for main in -lncurses... no
    checking 
    for main in -ltermcap... no
    checking 
    for main in -ltermlib... no
    checking 
    for rl_callback_read_char in -lreadline... no
    checking 
    for history_truncate_file... no
    configure
    error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
    Das sagt mir leider überhaupt nicht, was ich nun machen soll
    und der weitere Schritt mit "make" macht das hier:

    PHP:
    laptop:/usr/local/programs/R-2.4.0 # make
    make: *** Keine Targets angegeben und keine »make«-Steuerdatei gefunden.  Schluss.
    Da ich als Refferenz nur meine mitgelieferten Dokumentationen habe, und die mir nur sagen: machen sie ./configure und dann make, komme ich natürlich nicht weiter.

    Ich bin euch echt Dankbar für Tipps, bräuchte das Program für mein Studium.

    Danke, gruß Naich
     
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  3. #2 Keruskerfürst, 23.11.2006
    Keruskerfürst

    Keruskerfürst Kaiser

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    Es fehlen einige Programme zum kompilieren wie:
    1. aclocal
    2. autoconf
    3. automake
    usw.
     
  4. Lumpi

    Lumpi Haudegen

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    Hallo

    Kleiner Tipp:
    überall, wo beim Kompilieren ein "missing" oder "no" steht,
    fehlt der entsprechende Input.
    Dann muss man entscheiden, ob dieser benötigt wird
    und ihn gegebenenfalls nachinstallieren....

    Gruß Lumpi
     
  5. #4 gropiuskalle, 23.11.2006
    gropiuskalle

    gropiuskalle terra incognita

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    Wenn ein ./configure mit einer Fehlermeldung abschließt, brauchst Du make nicht bemühen; deswegen auch die Meldung der nicht gefundenen Steuerdatei.

    Wieso holst Du Dir nicht das .rpm für Suse 10.1? Wenn es von YaST oder Apt nicht angeboten wird, kannst Du es doch als lokale Quelle einbinden und somit installieren (Das Paket gibt's mit mittelmäßigen Gekrame hier --> cran.r-project.org/.

    Ansonsten empfehle ich Dir, nicht zu wild zu kompilieren, wenn Dir das grundsätzliche Prinzip noch nicht klar ist. Immerhin werden mit 'make install' ein unter Umständen ein paar hundert Ordner über Dein System verstreut und fest installiert, was beim eventuell notwendigen Deinstallieren Probleme schaffen kann, wenn man die nötige Orientierung nicht hat. Lieber die stinknormalen repos nutzen, wenn sie vorhanden sind.
     
  6. Naich

    Naich Mitglied

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    Danke für die schnellen Antworten, ich sehe schon, dass ich mir gerade die rpm mal runterlade (bei meinem Internet kann das dauern), vielleicht probiere ich das mit dem compilieren noch mal wenn ich mehr Ahnung habe, da fehlt ja doch noch einiges.

    Aber ihr habt da schonmal nen bisschen Klarheit in meinen Linux Dschungel gebracht, Danke euch!

    Gruß
     
  7. #6 gropiuskalle, 23.11.2006
    gropiuskalle

    gropiuskalle terra incognita

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    Hier nochmal die genaue Adresse zur Sicherheit: http://cran.r-project.org/bin/linux/suse/10.1/RPMS/i586/

    Nach dem Install kannst Du ja mal nach 'checkinstall' googeln, damit wird das selberkompilieren weniger haarig, weil Du statt eines Installs damit erstmal ein .rpm baust, was Du dann in z.B. Apt lokal einbinden kannst (und dementsprechend bequem auch wieder deinstallieren).
     
  8. theton

    theton Bitmuncher

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    Der Vollständigkeit halber: Bei einem configure-Fehler kommt es meist auf die letzte Zeile an.
    Code:
    configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
    
    Diese Zeile will dir sagen, dass das dir das devel-Paket von readline fehlt. Also einfach readline-devel installieren und configure nochmal durchlaufen lassen. Dieses "configure"->fehlendes devel-Paket installieren" macht man dann so lange, bis alle Abhängigkeiten aufgelöst sind.
     
  9. #8 gropiuskalle, 23.11.2006
    gropiuskalle

    gropiuskalle terra incognita

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    Gelegentlich findet sich nach dem Entpacken eines tarballs auch eine Textdatei namens 'README', in der die zum Kompilieren benötigten Pakete aufgelistet sind.
     
  10. Naich

    Naich Mitglied

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    Ich dachte ich bin x86_... ? oder muss ich es für i586? ich bin verwirrt und fast fertig mit dem download von der x86 ;)
    Habe gerade erstmal die x86_64 datei versucht über Yast zu installieren. Das ging nicht, weil der das Packtet nicht gefunden hat (?)
    Ist das also die falsche Version? Lade gerade das mit i586 runter und veruche es nochmal. ;)
     
  11. #10 gropiuskalle, 23.11.2006
    gropiuskalle

    gropiuskalle terra incognita

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    [​IMG] Gib doch mal 'sysinfo:/' in die Adressleiste Deines Konnquerors.
     
  12. #11 Naich, 23.11.2006
    Zuletzt bearbeitet: 23.11.2006
    Naich

    Naich Mitglied

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    Also nochmal nen Update:
    Habe jetzt mit beiden rpms es versucht: ...i586.rpm und ....x86_64.rpm und bei beiden kam die Fehlermeldung bei Yast:

    "Folgende Packete wurden auf dem Medium nich gefunden: R-base."

    Das verstehe ich nicht, die liegt doch auf dem Desktop....hmmmm könnt ihr mir das erklären?

    Danke gruß Naich

    EDIT: @ gropiuskalle: meinst du bei Betriebssystem : ...... i686 , oder
    System: SUSE LINUX 10.1 (i586)
     
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  14. theton

    theton Bitmuncher

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    Versuchs mal mit 'rpm -U ~/Desktop/[name-der-rpm-datei]' auf der Konsole als root (also vorher mit 'su' root-Rechte holen).
     
  15. Naich

    Naich Mitglied

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    Danke!
    Ich bin wirklich Konsole Fan geworden. Da weiß man dann entlich was noch so fehlt. (wenn man sie erstmal bedienen kann :) )
    Also nachdem ich nun noch blas, tk und tcl installiert habe, um (ich glaube das heißt) Abhängigkeiten zu klären, konnte ich mit

    rpm -U ~/DEsktop/R-2.4.0.i586.rpm

    das Programm installieren (habe ich doch oder ?).
    Auf jeden funktioniert es jetzt.
    Danke euch Allen.
    Gruß Naich
     
Thema:

Probleme beim compilieren von R

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