optimales System für numerische Simulationen

[pedro]

Hallo,

ich plane in Kürze numerische Simulationen in größerem Umfang durchzuführen (d.h. wiederholt, maximal einige Tage Berechnung) und frage mich derzeit, wie wohl das optimale OS aussehen könnte.

Hardwareseitig steht ein gängiger Desktoprechner mit Intel Q6600 und 4GB RAM zur Verfügung. Darüberhinaus ist auch eine halbwegs leistungsstarke Grafikkarte (9800 GT oder HD4850) verbaut, so daß GPGPU möglicherweise interessant sein könnte. Prinzipiell möchte ich GPGPU aber zunächst mal hinten anstellen, da dies ja zunächst eine Einarbeitung in die jeweilige API erfordert.

Meine Frage also: Wie sähe ein optimales OS Setup aus, um die Berechnungen (implementiert in Fortran oder C) laufenzulassen? Ich habe keine Erfahrungen diesbezüglich. Mein Ansatz wäre ein 64bit System nur mit Shell um die Simulation zu starten. Natürlich mit den benötigten paketen und libraries zur Kompilierung und Durchführung.

Könnt ihr mir eine Distri oder Vorgehensweise empfehlen um ein solches System aufzusetzen? Oder bin ich gar mit einem anderen Ansatz besser beraten, ist vielleicht Linux auch nicht die beste Lösung?

 

[marce]

Distri? Jede.

Interessanter sind eher optimierte Compiler und die Hardware...

 

[schorsch312]

Full Ack!

Ich wäre mit 64bit und fortran vorsichtig.

Hier noch ein Tip, um den Rechner nicht mit unnötigem Zeug zu belasten.
Nimm den Rechner, und installiere dir eine schlanke Distri (Ubuntu Server, ....) ohne GUI und benutzte Ihn von einem Desktop PC per ssh.
Gruß, Georg

 

[pedro]

Die Hardware ist zunächst mal fix, da lässt sich nichts ändern.

Compiler kommen für mich zunächst auch nur freie in Frage. Ich habe zwar noch nicht geschaut, wieviel die kommerziellen Compiler kosten, aber denke solch ein Kauf scheidet ebenfalls erstmal aus.
Worauf wäre denn bei den freien Compilern zu achten, um den Idealen zu finden?

Ich glaube gerne, dass sich mit jeder Distri ein solches System umsetzen lässt. Aber womit ginge es am schnellsten/einfachsten? Super wär ja wirklich ein ganz schmales System in dem auch keine unnötigen daemons laufen etc. Da befürchte ich, dass ich bei den gängigen, großen Distris (habe selbst nur Erfahrung mit Ubuntu und openSuse) und einer Standardinstallation noch viel zu konfigurieren ist. Gehts nicht einfacher?

Wie sieht es denn aus mit Kernel und Modulen? GIbt es da wichtiges zu beachten?

Vielleicht sollte ich noch anmerken, dass ich mich hier auf das heikle Gebiet der "premature optimzation" begebe.. ausser den wirklich wichtigsten Punkten brauchen wir hier also nichts ausführlich zu behandeln (aber eine Erwähnugn tut ja auch nicht weh).

 

[marce]

so gut wie jede Distri bietet die Möglichkeit einer Minimalinstallation - und da gibt es sich meist auch nicht viel, wie lange die Installation dann dauert oder wie einfach die ist.

Interessant an Compilern ist, wie spezifisch er sich konfigurieren lässt auf das konkrete System - um eben möglichst optimierte Binaries zu bauen.

Vom Kernel her sollte es eigentlich keinen Unterschied machen, ob der auf Modul oder statisch gebaut ist - nach dem Laden der Anwendung ist der ja meist eh außen vor. Interessant sind da dann eher Scheduler und Konsorten...

 

[schorsch312]

Vielleicht sollte ich noch anmerken, dass ich mich hier auf das heikle Gebiet der "premature optimzation" begebe.. ausser den wirklich wichtigsten Punkten brauchen wir hier also nichts ausführlich zu behandeln (aber eine Erwähnugn tut ja auch nicht weh).

???
Ich verstehe nicht, was du uns damit sagen willst.
Gruß, Georg

 

[foobarflu]

Compiler kommen für mich zunächst auch nur freie in Frage. Ich habe zwar noch nicht geschaut, wieviel die kommerziellen Compiler kosten, aber denke solch ein Kauf scheidet ebenfalls erstmal aus.

Da solltest Du weniger kategorisch sein. Mit intels fortran-Compiler erstellte Jobs laufen bei mir durchaus mal 40% schneller als mit dem gnuding erstellte (vermutlich wegen der auto-vectorization). Evaluieren und dann entscheiden.

Ich glaube gerne, dass sich mit jeder Distri ein solches System umsetzen lässt. Aber womit ginge es am schnellsten/einfachsten?

gentoo? Basis-System, emerge ifort, fertig. Kann man in unter 2h schaffen ;-)

schorsch: wieso Vorsicht mit fortran und 64bit? Hab bisher noch nix bemerkt - hatte allerdings auch nichts, was große Files schrieb.

 

[marce]

gentoo? Basis-System, emerge ifort, fertig. Kann man in unter 2h schaffen ;-)

dann muß ich doch gleich mal Arch in den Raum werfen :-)

Minimalsystem in ca. 20Minuten :-)


Also auf zum fröhlichen und nutzlosen Distri-Empfehlen...


Das mit den Compilern ist leider wahr - aber wenn der TE kein Geld in die Hand nehmen will oder kann bleibt ihm wohl leider nichts anderes übrig...

 

[schorsch312]

schorsch: wieso Vorsicht mit fortran und 64bit? Hab bisher noch nix bemerkt - hatte allerdings auch nichts, was große Files schrieb.

Ich hatte Probleme mit f75 code, den ich stumpf auf f90 (64 bit System) kompiliert habe.
war aber weniger wichtig und so habe ich es nicht weiter untersucht.
Gruß, Georg

 

[pedro]

???
Ich verstehe nicht, was du uns damit sagen willst.
Gruß, Georg

Zunächst einmal muss der Code fehlerfrei laufen. Das heisst erstmal steht eh noch Entwicklung und Debugging an. Danach erst starten Berechnungen mit (hoffentlich) relevanten Ergebnissen. In dieser zweiten Phase wird sich dann auch zeigen, wie weit ich Code und ausführendes System noch zu optimieren habe um auf vernünftige Rechenzeiten zu kommen.

Ich bin also noch ein gutes Stück davon entfernt mich um Optimierungsdetails zu kümmern. Mir geht es zur Zeit blos interessehalber darum, wie das OS prinzipiell aufzusetzen ist und ob es da bereits was zu beachten gibt. Wenn die Minimalinstallationen beliebiger Distributionen hierfür gleichwertig sind und es keine Besonderheiten bei der Installation zu beachten gibt, dann ist meine Frage zunächst beantwortet und ich danke für eure Hilfe.

Was Compiler und deren Optimierung angeht.. das hat für mich erstmal noch Zeit und gehört auch eher in ein anderes (Unter-)forum.

 

[schorsch312]

Ich würde das Ganze anders angehen. Optimiere und debugge deinen Optimierungsalgorithmus und teste dann verschiedene Distris und Compiler auf ihre Tauglichkeit.
Gruß, Georg

 

[SkydiverBS]

Hallo!

Was Compiler und deren Optimierung angeht.. das hat für mich erstmal noch Zeit und gehört auch eher in ein anderes (Unter-)forum.

Trotzdem will ich noch kurz erwähnen das sowohl der C++ Compiler als auch der Fortran Compiler von Intel für die nichtkommerzielle Nutzung kostenlos sind. Vielleicht erleichtert dir das später die Entscheidung für einen Compiler.

Gruß,
Philip